摧毁其他文明的原始首都是实现征服胜利的关键目标，但这一操作受到游戏核心规则的限制。原始首都具有特殊地位，占领后能大幅削弱对手实力，然而在游戏的标准设定下，玩家在攻占敌方原始首都后，会发现操作界面中通常没有夷为平地的选项，这与处理普通占领城市的情况不同。这意味着通过常规的军事占领流程，无法像摧毁普通城市那样将其从地图上永久抹除。这一设计是为了维护游戏的平衡性，因为原始首都通常拥有优质地块和资源，直接摧毁可能会对游戏进程产生过大影响。
尽管存在上述限制，玩家依然可以通过一些特殊方法或利用特定游戏机制来实现摧毁原始首都的目的。
借助游戏内的某些机制也能达到类似效果，例如在开启了天启模式的情况下，有概率通过彗星撞击来摧毁城市。另一种策略涉及复杂的外交与军事操作，例如先将目标城市通过交易转移给其他文明或城邦，再对其宣战并攻占，此时该城市可能不再被视为原始首都，从而获得夷平的选项。甚至存在利用蛮族营地持续生成部队去攻击特定城市的间接方法。
从纯粹的军事征服角度出发，要占领敌方首都，需要一套高效的战术体系。在游戏早期，若敌方城墙尚未建成，组建高机动性的轻骑兵部队进行快速突袭是有效的选择，这要求优先研发畜牧业科技以确保马匹资源的供应。进入中世纪后，攻坚战则需要依赖攻城单位，如攻城塔或投石车，来削弱城墙的防御，同时配合近战单位执行最终的占领动作，远程单位则因对城墙伤害减半而不适合作为主力。实施围城战术，彻底切断城市的补给线以防止其恢复生命值，是攻城战中的重要环节。到了现代及更晚的时期，轰炸机和核弹将成为摧毁城市防御的最强大手段。无论采用何种时代的战术，都必须牢记只有近战单位才能完成对城市的最终占领或摧毁。
理解征服胜利的条件有助于明确战略焦点。征服胜利的主要目标就是占领所有其他文明的原始首都。整个军事扩张和战争规划都应围绕这一核心展开。占领原始首都能直接剥夺对手的胜利可能性，并为你带来巨大的战略优势。在决定是否要摧毁一个已占领的普通城市时，则需要仔细权衡其地理位置、资源情况和忠诚度压力，但对于原始首都，游戏机制更倾向于鼓励你占领并利用它，而非摧毁。
